根肿病属土传和种传病害，病害一旦传入，单一防治技术很难有效控制，建议采用综防措施。
选用抗病品种、实行轮作。与非十字花科作物实行5年以上轮作。
调节土壤酸碱度。用消石灰撒施于土表，通过整地充分拌于土中，来调节土壤的酸碱平衡。
及时拔除、销毁病株。发现病株，及时拔除，并采取高温煮或晾干后统一烧毁，绝不能将病株留于田中或丢在其他区域，防止病菌更大面积的蔓延。并用护树大将军普喷园地消毒杀菌，减少病害发生。
药剂防治。用护树大将军+根施通对油菜苗灌根，并在苗周围(直径15-20厘米内)浇水(要浇透，淋水深度达到15厘米)，对发病初期的油菜苗效果较好。
