一、茎基部“黑秆子”
通常情况下，番茄茎基部出现“黑秆子”是由茎基腐病、疫霉根腐病这两种病害引起的。
茎基腐病，也称大苗立枯病，该病的识别关键点是茎基部病斑绕茎一周，缢缩，后期可见淡褐色蛛丝状霉，植株逐渐枯萎而死。防治该病可用20%的甲基立枯磷乳油1200倍液混加95%的绿亨一号（恶霉灵）3000倍液进行灌根。
疫霉根腐病，茎基部产生深褐斑，逐渐扩大后绕茎一周，病斑凹陷，与茎基腐病不同的是，纵剖茎基部可见导管变褐色，而茎基腐病则没有。防治该病可用72.2%的普力克800倍液混加50%的DT500倍液混加80%的金纳海（福美双）750倍液进行灌根。
二、茎秆或分杈处“黑秆子”
茎秆或分杈处“黑秆子”通常由番茄早疫病、晚疫病、茎枯病、条斑病毒病这几种病害引起。
早疫病，茎秆或分杈处产生不规则褐斑，湿度大时有黑色霉层。晚疫病，茎秆或分杈处变细且呈黑褐色，病果上有明显的云彩斑。防治早疫病的主要药品是代森锰锌，而防治晚疫病的主药是甲霜灵，因此防治以上这两种病害可直接喷施68%的金雷多米尔（精甲霜灵+代森锰锌）800倍液进行防治。
茎枯病，茎秆上产生椭圆形褐色病斑，上下扩展，后期病斑可侵入到维管束中，引起该病的病原菌与早疫病相同，都是茄链格孢菌，防治时同样以代森锰锌为主药，除了喷施金雷多米尔外，还可喷施50%的扑海因可湿性粉剂1000倍液。
条斑病毒病，茎秆上产生黑褐色斑块，与茎枯病不同的是发病部位多在植株生长点附近，且病斑变色部位仅发生在表皮，不会深入至维管束，这是区别两者的关键。防治该病时，需在发病初期喷洒2%的宁南霉素水剂500倍液，或20%的病毒A可湿性粉剂500倍液。
