修剪以后要进行病虫害防治。大多数病虫都是在被害果树的枝干组织和死枝、干桩上以及散落在果园中的树枝和果实上越冬，此时正是他们生活史上最薄弱的环节，病虫害在这个时候易于控制和消灭。
清除残枝落叶、病虫果：对于苹果的褐斑病、灰斑病，梨的黑星病，葡萄的褐斑病、白腐病、霜霉病，桃的褐腐病等病菌，其越冬场所是果园中的残枝落叶、病虫果及杂草，应集中烧毁。
果园喷药消毒：果树落叶后用“护树将军”+石硫合剂进行清园。护树将军是应用紫外线杀菌消毒技术研制成功的复方制剂，喷洒于树体表面的成膜物质不仅保护树体，还能保温防冻，保花保果，使花芽安然越冬。
枝干涂白、刮除病皮：用“护树将军”+石硫合剂对枝干进行涂白，防止病虫为害树体。一些枝干病害，首先刮除病皮，对于病部组织直径在1厘米以上的用“护树将军”涂抹，可迅速形成一层保护膜，窒息性杀菌，防治多种皮层病斑；对于病部组织直径在1厘米以下的可用“愈伤防腐膜”涂抹消毒灭菌，使树体尽早恢复树势。
