辣椒的病虫害主要有疫病、螨类、蓟马及斜纹夜蛾等。
1.猝倒病
多出现在苗期，发病初期茎基部出现水渍状病斑，然后腐烂，幼苗倒伏。可通过控水和药剂进行防治，发病初期采用58%甲霜灵？锰锌500倍液或72.2%霜霉威盐酸盐600倍液喷雾防治。
2.疫病
可危害茎、叶、果实。茎秆染病，发病初期，病部出现褐色病斑，后期枝条或整支枯死；叶片染病，初期为水浸状斑后期转黑褐色，软腐。可用72%霜脲氰？锰锌500倍液，或64%恶霉灵？锰锌600倍液进行防治。
3.青枯病
多发于盛花始果期，发病初期个别枝条可能先出现萎焉，后扩展至整株，全株萎蔫枯死而叶片不脱落。目前青枯病没有特效药只能预防，发病后只能控制病害扩散。可在发病初期使用72%农用链霉素2000倍液或14%络氨铜300倍液灌根；及时拔除田间的病株，并撒施石灰消毒。
4.炭疽病
果实发病产生灰褐色的病斑，上有同心轮纹，轮纹上密生小黑点。干燥时病斑干缩，易破裂；潮湿时会溢出淡红色的物质，茎和果梗染病时，可出现不规则褐色病斑，稍陷入，干燥时易裂开。可用25%咪鲜胺500～750倍液或70％甲基硫菌灵800倍液进行防治。
5.病毒病
植株顶部出现花叶、畸形、丛簇等现象，引起落叶、落花、落果等。在播种前进行种子消毒，栽培中注意防治蓟马、蚜虫可降低发病率。在发病前或发病初期及时喷施20%吗胍？乙酸铜（病毒a）400～600倍液或1.5%植病灵1000倍液。
6.螨类
导致植株幼嫩部位无法正常生长，幼茎扭曲变形，受害叶片僵硬，向下卷曲皱缩，叶背、果实变褐，果实失去商品价值。可采用99%石蜡矿物油（绿颖）150～250倍液、24%螺螨酯（螨危）4000～6000倍液或克20%双甲脒（螨克）1000倍液等杀螨剂防治，每6～7天/次，连续喷2～3次。
7.蓟马
成虫和若虫锉吸心叶、嫩芽、花器和幼果的汁液，造成生长点萎缩，嫩叶扭曲，花朵脱落，幼果畸形，表皮变褐。严重影响植株生长，降低果实品质。在蓟马发生期，当每株有虫3～5头时需进行喷药防治，最好在清晨露水未干时喷药，可交替使用3%啶虫脒1500倍液、10%吡虫啉1500倍液，或5%虱螨脲（美除）1000倍加25%噻虫嗪（阿克泰）2000倍等药剂防治。最好在6天内连施药两次。
8.斜纹夜蛾
杂食性暴食害虫，主要危害嫩叶和幼果。在幼虫3龄以前喷药防治效果较好，可交替用斜纹夜蛾核多角体病毒1000倍液、10%虫螨腈（除尽）1200～1800倍液或48%毒死蜱1000倍液，在午后或傍晚喷雾防治。
