一、及时清除田间杂草，有条件的覆盖地膜，抑制菌核萌发及子囊盘出土。发现子囊盘出土，及时铲除，集中烧毁。
二、与非茄科作物实行２-３年以上轮作倒茬，合理密植，采用配方施肥。及时清除棚室内残枝败叶、老叶、病叶，带出田外集中烧毁深埋，减少传染源。
三、从番茄苗期开始，严格控制生态条件，防止高温出现。注意通风换气，降低湿度。育苗温室与生产温室分开，严格保证育苗温室不发病。
四、在番茄菌核病发病初期及时喷施药剂防治，药剂可用：40%菌核净可湿性粉剂500倍液、或50%速克灵可湿性粉剂1000倍液、或80%多菌灵可湿性粉剂600倍液、或50%农利灵水分散剂1500-2000倍液，隔7-10天喷1次，连续3-4次。
