栽培措施不当
这类原因主要包括以下几个方面，一是种子质量差，发芽率低，发芽势弱；二是墒情不足，播种过浅，或播种后遇持续干旱天气，种子萌芽后又被旱死；三是一些地方在墒情充足时播种过深，特别是播后再遇雨时，会使出苗时间拉长，幼苗瘦弱，有时甚至不能出土；四是一些地方在无墒情况下先是在雨前采取寄种方式进行播种，尔后又遇大雨，一些种子被雨水冲走，还有一些种子被埋在深土中，使幼苗无法出土。
主要对策一是要选用籽粒饱满、发芽率高、发芽势强的种子；二是前茬作物收获后，抢时足墒播种，墒情不足时不要播种；三是播种深浅要适宜，一般以２厘米为宜，不能过深或过浅；四是采取寄种栽培时要密切注意天气变化，气象部门预报有小雨或连阴雨时，可以抢在雨前播种，但预报有强降雨天气时，不能采取雨前寄种的播种方式，一定要等雨后再播种。
除草剂药害
这类原因主要包括前茬除草剂残留药害和当季除草剂使用不当造成的药害两个方面。随着化学除草面积的扩大，因除草剂药害而造成的毁种重播面积逐年加大。
前茬除草剂残留药害一是麦田除草剂选用不当，误用麦稻轮作田专用的除草剂，如甲磺隆、氯磺隆及其复配制剂等，这类除草剂不仅危害芝麻，也危害大豆、花生、玉米等作物，因此在非麦稻轮作区应禁止使用；二是春季麦田使用“巨星”等持效期较长的除草剂时间过晚，特别是使用剂量超标时又遇春季干旱天气，土壤中残留的除草剂淋失少，残留量大，药害相对严重。当季药害主要是农民在芝麻田使用乙草胺等地面封闭性除草剂时，为了提高除草效果，无限量地提高使用剂量，造成部分芝麻苗黄化、瘦弱，甚至枯死。
