立秋后气候转凉，光照充足，降水渐少，韭菜光合作用旺盛，快速生长，营养向根系积累，是壮苗养根的关键时期，所以秋季要加强水肥管理，病虫防治，促使根系发育，打下明年早萌芽和提高产量的基础。
生长期适时浇水，保持土表湿润，结合浇水，中耕除草，合理施肥，定植前一般不收割，以促进壮苗养根。喷施新高脂膜，不怕太阳暴晒蒸发，能调节水的吸收量，防旱防雨淋。在韭菜成长期喷施蔬菜壮茎灵，可使植物杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。同时可提升抗灾害能力，减少农药化肥用量，降低残毒。
韭菜养根期间要注意病虫害防治。主要病害是韭菜疫病和灰霉病，高温多湿是发病的主要原因，常用药剂有50％多菌灵可湿性粉剂500～800倍液，或50％粉锈宁800～1000倍液，加新高脂膜适量喷雾。虫害主要是韮蛆、蓟马等。韮蛆秋季在9～10月危害，防治幼虫根施通与杀虫剂配合灌根，能促进农药有效成分强力杀灭果树根部虫害。
