商品甘薯在储藏期间薯块会发生一系列生理变化，出现不同的腐烂率，只有根据其生理特点，才能及早采取相应的有效措施措施，减少腐烂的发生，达到安全储藏的目的。
（一）商品甘薯保鲜期间的生理变化
1、呼吸作用的变化甘薯收获后，在储藏期间仍然进行呼吸和各种代谢活动，特别是刚入窖的红薯，当时气温一般偏高，呼吸作用相当旺盛，大规模储藏商品甘薯时，由于薯块群体大，呼出的热量很大，使窖温度很容易升高。
薯块的呼吸作用分为有氧呼吸和缺氧呼吸。
（1）有氧呼吸是薯块在氧气充足的条件下进行的正常呼吸，使淀粉转化为糖，同时消耗糖分，吸收氧气，呼出二氧化碳，释放出热量，这种热量是保持窖温的主要热源。窖温越高呼吸强度越大，随着窖温的下降，呼吸作用会逐渐减弱。在10-15℃温度下，呼吸强度差不多。因此储藏期间的窖温以11-14℃。
（2）缺氧呼吸在储藏初期气温高，装窖过满会造成缺氧呼吸，缺氧呼吸也是消耗糖分，但产生的是酒精，酒精积累多了会引起中毒，引起薯块腐烂。
2、水分的变化：薯块在储藏过程中，如果窖内湿度小，薯块体内水分不断散失，加之呼吸作用，淀粉不断被转化成糖，而糖又有一部分被吸收消耗，因而重量在不断减轻。保持窖内相对湿度在85%-90%可，减少红薯失重，提高商品红薯的保鲜度。
3、淀粉和糖分的变化刚收获的红薯淀粉含量最高，出粉率也最高，甘薯在较高温度条件下，由于呼吸作用加强，作为呼吸基质的糖类物质消耗增多，薯块经半年储藏，淀粉含量下降10-50%，而糖分比原来有所提高。随着储藏期的延长和窖温下降，薯块呼吸作用逐渐减弱，薯块转化的糖分除一部分被呼吸消耗掉外，另一部被积累起来，因而在冬季存放越久的红薯，食味比刚收获的越甜。
4、果胶质的变化甘薯细胞含有一定的数量的果胶质，它起着巩固细胞壁提高薯块硬度、低于外界不良环境的作用。红薯受冻后，薯块中心部位的原果胶质壁正常红薯含量高出1倍，由于原果胶质不溶于水，蒸煮时阻碍水分的进入，使细胞变硬从而出现硬心煮不烂的现象。红薯在受到软腐病病菌侵染后，薯块中的一部分果胶质被病菌分泌的果胶酶分解，使果胶质变成可溶状态，因此出现软腐状。
5、营养物质的变化维生素C等营养物质会随着储藏期的延长逐渐减少。如维生素C，在刚收获时含量最高，储藏30天损失10%左右，储藏60天损失30%左右。
6、愈伤组织的形成薯皮完好的健康薯块，表皮具有保护薯块，防止病菌侵入的作用。但由于甘薯表皮非常脆弱，在收装运过程中极易遭受擦伤（也称机械损伤），给病菌侵入造成机会。红薯经过一段时间后伤口表面的数层细胞会逐渐形成愈伤周皮，它和表皮细胞一样具有保护功能。在商品红薯储藏过程中，多数情况是愈伤组织的形成时间，与储藏要求并不完全一致。薯块在入窖结束后，人们期望红薯能迅速形成愈伤组织，促进安全储藏，而薯块愈伤组织在16-17℃时，用30天才能形成。在10-15℃时，需1个多月才能形成。加之商品甘薯储藏量大，薯块表皮擦伤度比小规模储藏要严重得多，因此，不少薯窖是在薯块愈伤组织尚未形成之前，病菌已侵入，开始腐烂。而用高温灭菌处理。可在短时间内形成愈伤组织。因此，红薯高温灭菌处理是目前最有效的储藏方法。
