番茄种子表面经常带有早疫病、病毒病等病菌，带菌的种子会传染给幼苗和成株，从而导致病害的发生。因此，在育苗前要进行种子消毒处理。
番茄育苗时常用的消毒措施有热水烫种和药剂浸种两种主要方法。
热水烫种
热水烫种是指用50℃～55℃恒温热水来浸泡种子。由于55℃是大多数病菌的致死温度，在此温度下浸种15～20分钟，种子上的绝大多数病菌能够被杀灭掉。因此热水烫种也能够对番茄种子进行消毒。
热水烫种的具体操作过程如下：先用温水把种子预浸30分钟左右，使种子上携带的病菌吸水活跃起来，以利于杀灭。然后把种子浸入55℃热水中，并不断加入热水保持恒温。为了保证温度的均衡，需不断搅拌。在此温度下烫种15～20分钟，然后加入冷水降至25℃～30℃。即可达到种子消毒的目的。
药剂浸种
药剂浸种就是把杀菌消毒剂配成一定浓度，用以浸泡种子，对种子的表皮及内部组织进行消毒的方法。在药剂消毒前，先把种子在水中预浸10分钟，再进行消毒处理。
常用的药剂消毒方法有以下几种：
福尔马林消毒：先把种子在清水里浸泡3～4小时，捞出放入100倍的福尔马林溶液中，浸泡15～20分钟后捞出，用清水冲洗干净。能杀死种子表面携带的枯萎病菌。
磷酸三钠消毒：用10％的磷酸三钠浸种10～15分钟，捞出用清水洗净。可除去种子携带的病毒。
高锰酸钾消毒：用0.1％的高锰酸钾消毒处理20～30分钟，再用清水冲洗几遍，有钝化病毒和杀菌的作用。
