防治番茄病毒病，积极采用以农业为主的综防措施。
(1)针对当地主要毒源，因地制宜选用抗病品种。近年国内新育成抗烟草病毒的品种有：鲁番茄5号，佳粉15号，中杂7号，毛粉802，中蔬4号、5号、6号等。
(2)实行无病毒种子栽培生产。播种前用清水浸种3-4小时，再用新高脂膜拌种（可与种衣剂混用），能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。或放入10%磷酸三钠溶液中浸40-50分钟，捞出后用清水冲净后再催芽播种，或用0.1%高锰酸钾浸种30分钟；定植用地要选用未种番茄或未发生番茄病毒病的田块，对曾发生番茄病毒病的田一定要进行深翻，促使带毒病残体腐烂，有条件的施用石灰，促使土壤中病残体上的烟草花叶病毒钝化。
(3)实行轮作换茬，避免间套作和连作，减少和避免番茄病毒病土壤和残留物的传毒，减轻病毒病的发生；育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂草，减少病毒病的毒源；推广配方施肥技术，喷施爱多收6000倍液，或植宝素7500倍液，增强寄主抗病力。
(4)健身栽培的防病措施：一是适期播种，培育壮苗，苗龄适当，定植时要求带花蕾，但又不老化；二是适时早定植，促进壮苗早发，利用塑料棚栽培，避开田间发病期；三是早中耕锄草，及时培土，促进发根，晚打杈，早采收，定植缓苗期喷洒万分之一增产灵，可提高对花叶病毒的抵抗力。第一穗座果期应及时浇水，座果后浇水要注意粪肥和化肥混用，促果壮秧，尤其高温干旱季节要勤浇水，注意改善田间小气候。
(5)发病初期喷药控制；在发病初期(5-6叶期)开始喷药保护，药剂为3.85%病毒必克WP500倍液加新高脂膜进行叶面喷雾，药后隔7天喷1次，连续喷3次，对番茄病毒病的防治疗效可达75-80%，也可用1.5%植病灵800倍液，或20%病毒A500倍液喷雾，使用方法同前，对病毒病的防效可达70%左右，不及病毒必克的防效；还可用5%菌毒清水剂400倍液，或高锰酸钾1000倍液，此外喷施增产灵50-100ppm及1%过磷酸钙做根外追肥，均可提高耐病性。
(6)早期防蚜、粉虱：育苗地和栽植地尽早应用吡虫啉或高效大功臣喷药防治杂草、周边蔬菜上的带毒蚜虫、粉虱，杜绝蚜虫、粉虱等昆虫媒介传播，尤其是高温干旱年份要注意及时喷药防治蚜虫、粉虱等，可有效地预防TMV侵染，减轻番茄病毒病的发生危害。
