一是选用无病种子，或种子消毒处理。
二是育苗中，低温高湿是细菌性果实腐斑病的发病条件，应合理调控避免病害发生。
三是苗床用药物消毒，可通过灌水加入过氧乙酸或双氧水，也可用铜制剂喷洒，但注意浓度要低，不然会抑制幼苗生长。
四是出苗后及时查苗，拔除病苗。
五是定植时先对棚内进行消毒，移栽时用高美施30毫升或蔬尔壮50毫升对水30斤进行浇穴或灌根。
六是及时通风换气，调控棚内温湿度。
七是坐瓜后喷洒1000倍的铜高尚以保护果实。铜制剂的使用浓度要低，以免抑制幼瓜生长发育，也可喷用2000倍的链霉素预防。
