芹菜施肥要掌握技巧，方可提高质量。
需肥规律每生产1000公斤芹菜需氮1.8～2公斤、磷0.7～0.9公斤、钾3.8～4.0公斤。
苗肥其营养土配制方法：用3年内未种过芹菜的园土与优质腐熟有机肥混合，其比例为∶，加适量三元复合肥。育苗床土用50％多菌灵可湿性粉剂与50％福美双可湿性粉剂按1∶1混合，或用25％甲霜灵可湿性粉剂与70％代森锰锌可湿性粉剂按9∶1混合消毒，每平方米用药8～10克与15～30公斤细土混合，取1／3撒在畦面上，播种后再把其余2／3药土盖在种子上。当幼苗2～3片真叶时，追施少量化肥。
基肥生产上以基肥为主，占总施肥量的80％左右，中等肥力土壤按每亩用优质腐熟有机肥3000～5000公斤、三元复合肥40～50千克，缺硼地块底施硼砂5～10公斤。施肥后深耕20～30厘米。
追肥定植时或缓苗后应少施速效性氮肥，每亩开沟追施硫酸铵15～20公斤。蹲苗结束后，每隔10天追肥1次，结合浇水，以水冲肥，每次每亩用腐熟人粪尿1000公斤或尿素、硫酸钾各10公斤，追肥2～3次。
叶面肥为防止后期缺硼症，可在生长中期用钙镁磷肥浸出液或0.3％～0.4％的硼砂喷施。收获前15～20天，可叶面喷施一次浓度为20～50毫克／公斤的赤霉素。夏季栽培芹菜不宜施用人粪尿等，以免引起烂根。
气肥大棚芹菜增施二氧化碳，可使植株增高，茎盘和叶柄增粗，促进产量提高。一般采用稀硫酸与硫酸氢铵发生化学反应，使用时期可从缓苗开始，连续施放40～60天，每亩保护地内每天一次性增施1～2公斤二氧化碳。其浓度晴天以不超过1500微升／升，阴天500～800微升／升。
