有机柑橘病虫草害防治，遵循防重于治的原则，从整个有机柑橘园区生态系统出发，以农业防治为基础，综合运用物理防治和生物防治措施，创造不利于病虫草害发生但有利于各类天敌繁衍的环境条件，增进生物多样性，保持柑橘园区内生物平衡，减少各类病虫草害所造成的损失。
1.加强农业技术措施
种植防护林。选择速生且与柑橘无共生病虫的树种；选用抗病砧木，如枳、枳橙等；园内可进行间作和生草栽培，柑橘的高级种植技术选择浅根、矮秆、与柑橘无共生性病虫的豆科作物，浅根性蔬菜和禾本科牧草；加强栽培管理，如翻土、排水、修剪、清园等，减少病虫源，增强树势，提高柑橘树体的抗病虫能力。
2.物理机械防治措施
应用灯光防治害虫，如用黑光灯诱杀金龟子、卷叶蛾等；利用黄色荧光灯诱杀吸果夜蛾等。利用害虫的趋化性防治害虫，如在糖醋液中加农药诱杀柑橘小实蝇、拟小黄卷叶蛾等；可用黄板诱杀蚜虫。
3.生物防治技术措施
保护和利用当地柑橘园中的草蛉、瓢虫和寄生蜂等天敌昆虫，以及蛙类、蜘蛛和鸟类等有益生物，减少人为因素对天敌的伤害；引入和繁殖病虫害天敌和寄生者，如人工引进放养捕食螨防治落叶蜘蛛，澳洲瓢虫防治吹绵蚧等；保护和扩大天敌的栖息地行间种植绿肥作物或牧草等；允许使用生物源农药，如微生物源农药——苏云金杆菌、植物源农药——苦烟水剂和矿物源农药。
4.杂草控制
有机柑橘园区采用树盘清耕、行间生草栽植技术，当树盘内出现杂草或行间杂草高度超过20厘米时，应采用割草、人工锄草等方法，或用未经有毒有害物质污染的作物秸秆、塑料薄膜等其他合成材料覆盖，但这些覆盖材料必须在柑橘果实收获之后从园区移走。
