1、褐斑病：又叫干疤病，一般在沙田柚果实贮藏1个月左右出现，褐斑是果皮变褐革质化的统称。该病的发生主要是贮藏期间温度太低造成的，贮藏期间相对湿度低于90%也会加剧该病的发生。病果初期为浅褐色不规则斑点，随时间延长，在低温下（3~5℃）病斑发展到以果蒂为中心的不规则环形，病部油胞破裂，凹陷干缩，使果肉发生异味。可在贮藏中通过适当的髙湿和避免贮温过低等措施加以控制。
2、水肿病：该病是沙田柚果实贮藏期间，由于库内环境条件不适宜，出现低温和较高浓度的二氧化碳、氧气不足，造成果实生理机能失调所致。库内温度在3℃以下或库内二氧化碳浓度达3%以上时，该病易发生。初期果皮失去光泽，并在果面上显出由里往外渗透的浅褐色斑点，呈水渍状，最后整个果实变成半透明水渍状，表面呈现膨胀状，果身变软，果肉有严重的酒糟味。选用适当的贮温、加强库房通风透气是控制水肿病的根本措施。
3、枯水：又称粒化或浮皮，是影响沙田柚贮藏寿命的主要病害。其症状是果皮发泡，皮肉易分离，果肉失水，汁胞粒化，果汁减少，营养成分降低，果实变轻，因而风味淡化以致毫无价值。目前可通过采前喷赤霉素或钙、适当预贮等措施来减少枯水的发生。
