食用菌一旦发生病虫害，治理起来难度很大，且难免影响其产量、质量。所以，在种植过程中一定要做好相关的防治工作，减少病害发生机会，防患于未然。
1、保持菇场（房）和周围环境清洁或选用新场地。旧菇房（场地）因残留的培养料中潜藏着各种杂菌孢子和虫害。在使用前及使用过程中应对菇房（场）、用具及设备进行消毒处理，及时清理房（场）死菇、杂菌棒（袋）等，确保场地卫生。最好年年更换新场地。
2、重视培养料的质量，严把灭菌关。培养料质量的好坏直接影响到发菌及出菇。新鲜、干燥、无霉变的原料，不仅容易灭菌，杂菌发生概率小，而且出菇产量高。灭菌效果是防止培养料自身产生杂菌的关键环节，必须重视和做好灭菌工作，在旺火条件下，灭菌时间达到18－24小时，确保培养料自身不产生任何杂菌。
3、选用优质菌种，严把菌种关。菌种质量好坏直接关系到制袋成功率。老化、杂菌污染菌种会导致接种点不发菌或长杂菌，而生命力强的菌种接种后很快萌发并封满接种穴口，有效防止杂菌浸入，并且生长十分迅速。因此，选用菌丝生长势强，刚刚满袋至初见原基形成期菌种。
4、重视发菌阶段菌袋管理，及时检出杂菌袋。发菌期个别菌袋产生杂菌，若不及时挖出，会造成污染，特别是链孢霉，应在其发生前期及时发现和检出，若等到其形成桔红色孢子体，不论采取任何处理方式，都会造成严重污染。发菌阶段至少每3天检查一次，发现杂菌及时处理。
5、重视出菇阶段，菌棒管理，保证菌棒正常出菇。出菇阶段，菌棒注水、浸水后一些菌棒表面会出现严重杂菌表层，但它们一般不影响正常出菇，只要出菇后及时晒棚和保持适度通风，菌棒表面杀菌会很快消失或被抑制，菌棒仍可正常出菇。
6、不在高温条件下出菇。高温环境条件下，注水、浸棒会导致菌棒内层和外层大量产生杂菌，并出现烂棒，而且在高温条件下，子实体难形成或子实体小、薄，商品质量差。高温环境最终会导致菌棒长杂菌和烂棒。在生产菌袋时必须考虑出菇的温度条件，高温季节可利用山区气温低的特点进行反季节栽培。
