平菇生产的各个环节，都有可能遭受杂菌污染，必须及时防治。常见的杂菌主要有以下几种：
（1）细菌多数发生在母种斜面上，原种、栽培种损害都比较轻。细菌污染的特点是滋生快，通常接种后10—24小时就能表现出来。防治方法：一是接种工具一定要酒精擦和用火焰灭菌。二是培养基灭菌要遵守规定进行。
（2）青霉和木霉青霉菌损害常见于原种和栽培种。侵入后很快萌发长成菌丝，覆盖在培养基外表。木霉菌发生在子实体形成期。这两种杂菌涌现时，应及时把它挖除。
（3）链孢霉在夏季高温季节，最容易发生链孢霉，并产生大批橘红色粉状孢子。为链孢霉污染的菌种，要及时淘汰；瓶子要彻底清洗，并用0。05％高锰酸钾水浸泡，或经蒸煮灭菌后方可使用。
