1、低温。番茄生长适温为白天20℃～25℃、夜间15℃～20℃、地温18℃～22℃，其中昼夜温差宜保持在5℃～10℃。此温度下植株生长健壮，着花节位低，花朵大而多，果实发育良好。如果温度低，在13℃以下结畸形果的比率开始增加，7℃以下高发。在花芽分化和发育期，若连续5～6天遇到3～4℃的低温夜，极易产生畸形果。冬、春茬番茄的第1～2穗果易出现畸形果，多是由低温造成的。
2、高温。当日平均温度大于25℃，尤其是高夜温时，整个植株生长和衰老的速度加快，着花节位上升，开花早，但花朵数和花器得到的养分少，花朵变小，发育不良，易落花落果和后期形成畸形果。
3、光照不适。光照过强引起高温障碍；过弱影响光合作用，植株自身合成的养分少，生长细弱，花芽分化受到抑制，着花节位上升，开花晚，花器小而弱，发育不良，增加畸形果几率。
4、使用激素不当。为防止落花落果，常采用2，4—D或番茄灵蘸花，如果浓度过高、重复蘸花，或蘸花时温度过高、土壤干旱等情况时，容易产生畸形果对未开放的花进行药剂蘸花，易产生空洞果。蘸花药液浓度过高、用量过多，易诱发大脐果和尖嘴（顶）果。
5、施肥不合理。氮肥过多，会使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果。
6、肥水供应不合理。水肥过足，易形成顶裂状果实；水肥供应不足，易形成三角形果实。
