在进行无公害蔬菜的生产时，专家们都推荐使用堆肥等优质有机肥。在堆制堆肥时，为了使堆肥符合国家规定的卫生标准，其关键步骤在于堆肥的升温，一般来说温度必须要升到60～70℃，并且在这个温度上维持6～7天，这样才能达到肥效好，有害生物也能被杀灭的效果。可用一个温度计测量温度，到60度后维持10天的时间就可以了。
堆肥一般作基肥，结合翻地施用，并与土壤充分混合。堆肥适合各种土壤和农作物，通常砂质的土壤可用半腐熟的堆肥，粘重的土壤须用完全腐熟的堆肥。施用堆肥能增加土壤肥力，并补充土壤大量微生物菌群，给农作物带来肥效持久而稳定的氮、磷、钾及钙、镁、硫等有机态肥料，有利于农作物生长。目前发展“无公害农产品”以及提高土地肥力的复种指数，在生产上提倡施用堆肥等有机肥料是一个必由途径。在生产实践中，由于不同的作物需要的肥料各不相同，在施用堆肥之外，还需配合施用氮、磷、钾等无机化肥，以便更好地发挥肥效。
