大葱培土前，可随水冲施生物菌肥，增加土壤有益菌，抑制病原菌侵染；或者用58%的甲霜灵锰锌600-800倍液或70%的霜脲氰锰锌800-1000倍液灌根；或在沟内撒施土壤菌毒净(敌克松+恶霉灵)，平均1亩地2-3公斤，然后进行培土。培土后，若发现病株，要及时扒开垄土，施入72%普力克800倍液+96%的恶霉灵3000倍液+生根剂，三者配合灌根防治。
在多雨天，要注意做好大田排水，避免积水沤根，诱发根腐病等。对于蝼蛄、葱蛆等害虫，可用辛硫磷颗粒等杀虫剂来防治。在多年种植大葱的地块，应与其他作物轮作，但是不能与百合科的大蒜、韭菜轮作。
