种子是传播病害的是病害发生重要途径之一，许多西瓜病害可以通过种子传播，因此，在播种前必须对其进行消毒灭菌处理。
1、强光晒种：在春季，选择晴朗无风天气，把种子摊在席上或纸上，厚度不超过1厘米，使其在阳光下曝晒，每隔2小时左右翻动一次，使其受光均匀，阳光中的紫外线和较高的温度，对种子上的病菌有一定的杀伤作用。晒种时不要放在水泥板、铁板或石头等物上，以免影响种子的发芽率。晒种除有一定的杀菌作用外，还可以促进种子的后熟，增强种子的活力，提高发芽势和发芽率。
2、高温烫种：在两个容器中分别装入等量的冷水和开水，水量为种子量的3倍，先把选好的种子倒入开水中，迅速搅拌3—5秒钟，立即将另一容器中的冷水倒入，并不断搅拌至30℃左右，在室温下浸种3—4小时，可杀死种子表面的病原菌。烫种时注意时间短速度快，以免影响种子芽率。
3、温汤浸种：将种子放入55℃的温水中，不断搅拌15分钟，然后使其自然冷却浸种4—6小时。55℃为病菌的致死温度，浸烫15分钟后，基本上可杀死附在种子上的病菌、病毒，可预防西瓜花叶病毒病。在没有温度计的情况下，可用2份开水对入1份冷水，将手伸入水中感到烫手，但又能忍受，这样的温度为55℃左右。
4、药剂消毒：将可能带有病菌、病毒的种子，浸入能杀死病菌的药液中，这是最有效的种子消毒方法之一。
①磷酸三钠浸种法：用10%的磷酸三钠溶液，浸泡西瓜种子20分钟，捞出后在水中清洗干净，除去种子表面的药液，可以钝化种子所带病毒，对西瓜的花叶病毒病预防效果较好。
②代森铵浸种法：先将50%的代森铵水剂配成500倍的药液，放入西瓜种子浸泡0.5—1小时，然后取出用清水冲洗干净。
③漂白粉消毒法：配成2—4%的漂白粉溶液，将西瓜种子浸泡半个小时，捞出后用清水冲洗干净，可以杀死种子表面的细菌。
④多菌灵浸种：用50%的多菌灵可湿性粉剂配制成500倍的药液，使西瓜种子在其中浸泡1小时，取出后冲洗一下，可以预防炭疽病。
⑤抗菌剂401浸种：将种子放入用10%的抗菌剂401配制的500倍药液中，浸泡30分钟捞出，可杀死种子上带有的枯萎病菌、炭疽病菌等。
⑥其他药剂：40%福尔马林水剂150倍液，浸种30分钟，可预防枯萎病和蔓枯病；硫酸链霉素100—150倍液（必须用蒸馏水稀释），浸种10—15分钟，可预防炭疽病和细菌性角斑病。
