生物肥料是靠微生物的作用发挥增产作用的，其有效性取决于优质菌种、优质菌剂和有效的施用方法。因此，生物肥料合理施用的原则是：第一，要保证菌肥有足够数量的有效微生物；第二，要发明适宜于有益微生物生长的环境条件。
1。生物肥料必须选用品质合格的，品质拙劣、过期的不能使用。菌肥必须保留在低温（最适温度4—10℃）、阴凉、通风、避光处，免得失效。
2。为尽量减少微生物死亡，施用进程中应避免阳光直射；拌种时加水要适量，使种子完全吸附。拌种后要及时播种、覆土，且不可与农药、化肥混杂施用。
3。通常菌肥在酸性泥土中直接施用效果较差，要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
4。微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。因此，必须留意及时排灌，以维持泥土中适量的水分。
5。生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良泥土和合理耕作，以维持泥土蓬松、通气良好。
6。微生物活动需要耗费能量。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供给微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料。
7。微生物生长需要多种养分。因此，必须供给充分的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供给适量的氮素，以增进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥以磷增氮的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大批滋生；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可显然提高固氮效率。
