甜椒畸形果是一种生理病害，主要是由于甜椒在花芽分化或开花时遇上了恶劣的天气条件，如温度过高或过低，甜椒的花芽分化不良，或甜椒的花受精不良，或者是本来就没有发育完全引起的。
秋季在甜椒开花坐果时，温度不宜过高。如果大棚内的温度超过35℃或者是32℃连续2小时以上，甜椒就出现授粉或受精不良的情况。春节前后要注意避免大棚内的气温及地温过低，影响甜椒坐果，喷施新高脂膜可促进春节前后甜椒正常坐果。
甜椒缺乏硼、钙等元素会导致畸形果，因此要注意喷洒含有硼、钙等元素的叶面肥配合辣椒壮蒂灵，增强各种辣椒植株营养匹配功能，果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，发育快、着色早、果肉厚、色泽鲜艳、辣味香浓。
植株生长过旺，出现畸形果的几率会增大，可通过喷洒促花王3号抑制主梢疯长，促进花芽分化，多开花，提高花粉受精质量，多开花、多坐果，防落果，促发育。
