玉米苗期科学使用农药，对病虫草害加强防控，能起到事半功倍的效果。
病害玉米苗期病害主要是粗缩病，该病是由灰飞虱传毒引发的病毒病，发病越早危害越重，应采取综合措施防治。一是选用抗耐病品种适期播种。夏玉米尽量避免与小麦套种，如果套种，共生期不能超过7天。二是药剂拌种或包衣。三是加强田间管理。及时清除玉米田间、地边杂草，破坏灰飞虱适宜的栖息场所。结合间苗和定苗，及时拔除田间病株，并带出田外烧毁或深埋。合理施肥浇水，加强田间管理，促进玉米健壮生长，缩短感病期，增强玉米抗耐病能力。
害虫玉米苗期主要害虫有金针虫、灰飞虱、蓟马、棉铃虫、黏虫，可用吡虫啉加高效氯氟氰菊酯喷雾。
杂草玉米田间杂草主要有马齿苋、小蓟、大蓟、萹蓄、苍耳、打碗花、葎草、马唐、牛筋草等。播后苗期是杂草防除的有利时期。用乙莠加水对地表均匀喷雾，能防除一年生禾本科杂草和阔叶杂草。玉米3~5叶期，可以烟嘧磺隆或乙莠加水喷雾进行茎叶处理。
