木耳常见的病害有各种霉菌和流耳病。防治措施：1、在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时适当提高pH值，可加百分之2至3的生石灰。
2、接种前要对接种箱或室、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药品等，每立方米用甲醛10毫升和高锰酸钾5克或用保菇王每立方米3至4克熏蒸消毒。
3、培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100摄氏度开始计算，要维持8至12小时，以保证灭菌彻底。
4、经常检查，发现感染的菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥。
5、菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可划开有杂霉部位的塑料袋在杂菌部位撒上菌绝杀粉或多菌灵溶液喷洒消毒。
6、及时清理残耳，并在其场地喷打百分之0.2多菌灵或漂白粉溶液。
7、对于流耳病，除搞好预防之外，可用每毫升25单位浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾。
