复混肥料中所含养分的形态不同，施肥方法也不同。含铵态氮的复混肥料，应深施覆土，减少养分的损失；含磷、钾养分的复混肥料，可集中施在根系附近。一般玉米和水稻可施用氮、磷含量高的复混肥料，大豆可施用磷、钾含量高的复混肥料。
