1、晚疫病：防治晚疫病，首先要选择抗病品种；其次，播前严格淘汰病薯。一旦发生晚疫病感染，一般很难控制，因此必须在晚疫病没有发生前进行药剂防治，即当日平均气温在10～25℃之间，下雨或空气相对湿度超过90%达8小时以上的情况出现4～5天后喷洒药剂进行防治。可用70%代森锰锌可湿性粉剂来进行防治，每亩用量175～225克，兑水后进行叶面喷洒。如果没有及时喷药，田间发现晚疫病植株后，则需要用瑞毒霉（也称为雷多米尔、甲霜灵）之类的药剂进行防治，每亩用25%瑞毒霉可湿性粉剂150～200克，兑水进行叶面喷施。如果一次没有将病害控制住，则需要进行多次喷施，时间间隔为7～10天。
2、癌肿病：选用抗癌肿病的品种并结合长期轮作（5年或更长），可以防止癌肿病的发生。封锁感病地区、禁止从感病地区调运马铃薯特别是种薯，是控制病害蔓延最有效的方法。目前尚没有发现有效防治癌肿病的化学病剂。
3、粉痂病：用甲烷钠熏蒸土壤可以起到一定的防治效果。选择排水良好的无病地块种植马铃薯或长期与牧草轮作，可显著降低该病害的发生，选用抗病品种和无病种薯。
4、早疫病：叶片喷施有机杀菌剂可以减少早疫病的蔓延。当早疫病较为严重时可用70%代森锰锌可湿性粉剂来防治，用量为每亩175～225克，兑水后进行叶面喷施，如果一次没有防治住，则需要进行多次喷施，间隔10天左右。
5、干腐病和萎焉病：选用无病种薯，用化学保护剂处理切块的种薯，可以把切好的薯块蘸一层7%～8%的杀菌剂粉剂；生长期间有良好的水分管理和轮作；不在带有萎焉性镰刀菌的田块里种植马铃薯。
