一、玉米秸秆碳氮比为65-85:1，而适宜微生物活动的碳氮比为25:1，因微生物与作物争夺氮素，导致秸秆还田后土壤中氮素不足，故会在玉米生长期间，玉米苗会因缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。解决办法：秸秆粉碎后，在秸秆表面每亩撒施碳酸氢铵50公斤或尿素20公斤，然后耕翻。二、防止秸秆粉碎过长。因农机手操作不好或粉碎还田机功率不行，有的地块秸秆粉碎后，秸秆长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。解决办法：使用马力相对较大的大型秸秆粉碎机，这样秸秆粉碎得细，而且旋耕较深，秸秆与土壤混和均匀。
三、秸秆还田后，土壤过于疏松，大孔隙多，玉米种子不能与土壤紧密接触，影响发芽生长，扎根不牢，甚至出现“吊根”现象。要解决这个问题，除提高秸秆粉碎质量外，还要注意以下几个方面：⑴施足氮、磷、钾肥料。⑵提高土壤墒情。⑶提高播种质量。⑷适时镇压、浇水。
此外，在秸秆粉碎还田过程中，要特别注意带病的秸秆不能直接还田，要人工拿出地外深埋或烧掉，否则玉米易发生病害。
