苹果干腐病主要伤害苹果的枝、干部，也可危害果实。苹果干腐病发生时，如果不好好管理，严重者会造成树势衰弱，甚至枝条枯死。
枝干受害分为两种类型，溃疡型和干腐型。前者发生在成株的主枝、侧枝或主干上。一般以皮孔为中心，形成暗红褐色圆形小斑，边缘色泽较深。病斑常数块乃至数十块聚生一起，病部皮层稍隆起，表皮易剥离，皮下组织较软，颜色较浅。病斑表面常湿润，并溢出茶褐色粘液。后期病部干缩凹陷，呈暗褐色，病部与健部之间裂开，表面密生黑色小粒点。潮湿时顶端溢出灰白色的团状物；后者成株、幼树均可发生。成株：主枝发生较多。病斑多在阴面，尤其在遭受冻害的部位。初生淡紫色病斑，沿枝干纵向扩展，组织干枯，稍凹陷，较坚硬，表面粗糙，龟裂，病部与健部之间裂开，表面亦密生黑色小粒点。严重时亦可侵及形成层，使木质部变黑。幼树：幼树定植后、初于嫁接口或砧木剪口附近形成不整形紫褐色至黑褐色病斑，沿枝干逐渐向上或向下扩展，使幼树迅速枯死。以后病部失水，凹陷皱缩，表皮呈纸膜状剥离。病部表面亦密生黑色小粒点，散生或轮状排列。被害果实，初期果面产生黄褐色小点，逐渐扩大成同心轮纹状病斑。条件适宜时，病斑扩展很快，数天整果即可腐烂。
防治方法：对根部染病的树，一经剪除病根后，可用药水比例为1:250的双效灵和7:100的高锰酸钾进行土壤浇灌，以达渗透病根部位。灌药量可根据树龄大小和发病轻重确定，一般成龄树每株浇灌药液60kg为宜。灌根时间，全年进行两次，即3月下旬到4月上旬一次，7月下旬到8月上旬一次。若情况不允许时，也可在果树生长期随时进行；也可以用化学方法进行防治，常用药剂有1％硫酸铜，或5波美度石硫合剂加1％—3％五氯酚钠盐等。喷药保护：大树可在发芽前喷1:2:240倍式波尔多液2次。在病菌孢子大量散布的5—8月间，结合其他病害的防治，喷布50％多菌灵可湿性粉剂或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂600—800倍液等药剂3—4次，保护枝干、果实和叶片。
