1.在有效期内选用质量有保证的产品。注意产品是否有严格的检测登记程序，是否有农业部颁发的生产许可证，最好选用当年生产的产品。
2.妥善贮存，保证微生物在适宜范围内生长繁殖。要避免阳光直晒，防止紫外线杀死肥料中的微生物。
3.巧妙搭配有机肥等肥料，禁止与土壤杀菌剂混用。微生物肥料与有机肥混合沤㓡，更能起到增效作用。在蔬菜整个生育期内也应避免使用土壤杀菌剂，要在播种前作好种子处理，防止给种子杀菌消毒过程中降低微生物肥料肥效，最好不用带种衣剂的种子播种。
4.合理利用农业技术措施，改善土壤环境条件。土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕，作好排涝防旱工作。还要抓好秸秆还田，增施有机肥等措施，始终保持耕作层的碳源充足和疏松、湿润环境，从而发挥生物肥增产增效的肥力作用。
5.严格操作规程，因地制宜，采取恰当的施肥方法。各种微生物肥料在使用中所采用的拌种、基肥、追肥等方法，应严格按照使用说明书的要求操作。
6.根据蔬菜种类正确施用。
7.需注意的是微生物肥料只是一种辅助增产肥料，不可替代化肥和有机肥，无公害蔬菜生产的施肥还应以有机肥为主。
