影响辣椒产量的主要是病害，如果防治不及时将造成减产甚至绝收。辣椒常见病害有：
辣椒青枯病防治措施:1与禾本科作物轮作。２，种植抗病品种。３改量土壤，４出现病株及时拔除，并在病株周围撒入适量石灰，防止病菌蔓延。５，发病初期用浓度为２００毫克｜公斤的拉升链霉素或２０％叶青双８００倍液浇根，每株浇２５０毫升，隔７天后再浇一次。辣椒软腐病的防治措施：１实行轮作。２培育壮苗，合理密植，及时排除积水，清洁田园３可用７２％农用链霉素４０００倍液或５０％DT杀菌剂500倍液喷雾。
辣椒根腐病的防治措施：1进行轮作。2选择无病种子。3雨后及时排水，防止积水。4可用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液或40%硫磺胶悬剂600倍液喷洒。
辣椒疫病的防治措施：1选用抗病品种2种子消毒3实行轮作，深耕晒地，清除田间病残体4施足底肥，合理密植，采用高垄栽培方式，及时排除积水，5可用58%瑞毒霉锰锌600倍液，1:1:200的波尔多液或1500倍扑海因溶液喷洒
辣椒病毒病的防治措施：1播种前用10%磷酸三钠泡种20——30分钟，进行种子消毒。2发现少量病株之初，应及时拔出病株进行消毁。该病在田间主要靠蚜虫、螨类传播，所以在前期做好灭虫工作。可用20%病毒A500倍液，加20%的灭蚜松可湿性粉剂1000倍液喷雾，隔7——10天喷一次，连喷2——3次，即可收到明显效果。
