蔓枯病和白粉病是窝瓜中常见的病害，对窝瓜的危害极大。窝瓜应选择种植在高畦栽培，地膜覆盖，遇到雨季要加强排水。
蔓枯病的防治要点在始发病期用药，应选用内吸性剂，如10%世高水分散粒剂1500倍液，隔7-10天喷一次，连续2-3次。配药时必须先将药开成母液，后再倒入喷雾器，使药液浓度均匀一致。可与40%灭病威胶悬剂500倍液，或21.2%加收热必可湿性粉剂1000倍液、百科乳油2000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、25%敌力脱乳油1500倍液交替使用，每7-10天一次，连读2-3次。也可用40%灭病威胶悬剂500倍液加50%多菌灵可湿性粉剂500倍液拌面粉茎。
白粉病，在6月上旬蔓延较快，该病是以菌丝扩散，经过雨水传播到主叶片上，菌丝体附在叶表面，在萌发侵入，进行侵染。白粉病的扩散就在于湿度大，才得以蔓延，防治方法：初期，喷洒15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液或多硫悬浮剂500-600倍液。保护地可采取烟雾法，硫磺粉熏烟或45%百菌清烟剂熏。
