我们在实际的农业生产中，很多人由于对复合肥的特点和使用要求了解不多，或硬搬尿素、碳铵等单持化肥的使用方法，在实际生产中经常因施用不当而造成浪费，甚至因产生肥害而减产，影响了复合肥优越型性的发挥。目前复合肥施用中主要存在的以下几个问题。
一是追肥多，基肥少。很多人主要将复合肥作为性追肥施用，特别是很多采农不施基肥，待出苗后第5天追肥一次，不仅费工费时，而且不能发挥肥料的效力，造成不应有的浪费。因此正确的作法是将复合肥的大部分用们基肥，在生产中期和后期视情况追施氮肥或钾肥。
二是表施多、深施少。很多人习惯于将复合肥撒在地表，这样不仅肥效慢，而且浪费大。因为如果遇干旱天气，地表没有水，肥料没有水，就不能吸收；遇下雨，肥料会被告水冲走。正确的是全耕层深施，或穴施、条施后盖土。用量少时可集中用作种肥，并且注意将种子与肥料隔开以防种子。
三是做不到因土、因作物施肥。很多人由于过去大量施用磷酸二铵等高磷肥料，造成磷的过量积累，不仅浪费，严重的甚至造成减产。还有很多人在缺P的土壤上施用NK二元复合肥，以为是用量少而增加施肥量，结果造成养分过量而烧苗。
