番茄缺硼时最显著的症状是，小叶失绿呈现黄色或橘红色，生长占变黑。严重缺硼时，生长点凋萎死亡，幼叶的小叶叶脉间失绿，有小斑纹，叶片细小，向内卷曲。茎及叶柄脆弱，易使叶片脱落。根生长不良，褐色。果实畸形果皮有褐色侵蚀斑。在番茄苗期、花期、果实期或发现植株缺硼时，有诺翠丰500倍液叶面喷施或叶面喷施5%硼砂。
番茄叶柄产生不定期芽也是植株缺硼造成的。如果植株不能得到足够的硼，叶子同化作用产生的光合产物状不能很好地输送到植物的各个部分，在叶柄的周围状要形成不定芽。如果看到不定芽出现，就说明植株同化产物的运送不良，应该马上补施硼肥，叶面喷施芸苔素内脂。
