1.选用抗病品种，不同品种间抗病差异很大。
2.实行2-3年轮作或集中烧毁或深埋病残体，减少侵染来源。
3.及时防治玉米螟，玉米螟是穗粒腐病菌的侵染媒介。
4.药剂防治。
（1）种子处理：播种前用50%多菌灵可湿性粉剂侵种杀死病菌。浸种后用清水冲洗即可播种。
（2）在玉米大喇叭口期每亩用20％井冈霉素可湿性粉剂或40％多菌灵可湿性粉剂200g制成药土点心叶，防治玉米穗腐病，防效80％左右，同时可混入杀螟丹粉剂等杀虫剂兼防螟虫。
（3）抽穗期用50%多菌灵可湿性粉剂或50%甲基托布津可湿性粉剂喷雾。重点喷果穗及下部茎叶，隔7天再喷1次。（4）发病初期往穗部喷洒5％井冈霉素水剂，50％多菌灵悬浮剂、50％苯菌灵可湿性粉剂喷施。视病情防治1次或2次。
5.充分成熟后采收，晾晒后入仓贮存。防止贮藏期间发生该病。
