棉花枯萎病的防治棉花枯萎病在防治上应采用保护无病区，消灭零星病区，控制轻病区，改造重病区的策略，贯彻以“预防为主，综合防治”的方针，有效地控制病害的发生。
(1)选用抗、耐病品种。种植抗枯萎病棉花品种，是最有效的方法。
(2)合理轮作：最好与禾本科作物小麦、玉米、谷类、绿肥等轮作，有条件的可提倡与水稻轮作，防病效果明显。
(3)保护无病区：目前新疆棉区新开垦的土地和种植棉花年限少的地块均为无病区，因此要千方百计保护好无病区。无病区使用的种子绝对不能从病区引调，严禁使用病区未经热榨的棉饼，防止枯萎病传入，提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥。
(4)拔除病株：及时到田间调查，一旦发现有零星病株，最好立即拔除，带到田外销毁；并在棉田外深埋或烧毁。
(5)清洁棉田：连年坚持清除病田的枯枝落叶和病残体，就地烧毁，可减少菌源。
(6)科学施肥：科学施肥，增施有机肥如嘉有皇辅天黄腐酸有机-无机复混肥料(10-10-10)，实行氮磷钾配方施肥，培育健壮植株，增强棉花抗病能力，减轻危害。同时整个生长期喷施黄腐酸叶面肥2～3次可有效减少黄萎病的发病几率。
(7)药物防治：50%多菌灵800液喷雾预防，发病初期用：生命源黄腐酸有机水溶肥料灌根，克黄枯、甲基托布津等农药，加入1%尿素水喷雾防治。
