小麦黑穗病都是以种子带菌传播为主的病害，因此进行种子消毒处理，基本上可以达到预防的目的。
(1)抽穗前后在田间拔除病穗，带到田外烧毁，减少病菌传播。
(2)小麦黑穗病，除种子带菌外，还有土壤和粪肥带菌。一般可用50%多菌灵可湿性粉剂，或2%戊唑醇种衣剂按种子重量的0.2%-0.3%拌种。
(3)可用0.25%公主岭霉素可湿性粉剂按1:50比例加水，每100kg种子喷药液8kg，闷种4小时播种，或每50kg麦种用80%多菌灵0.4kg，先用水稀释，药液以浸种子为宜，在20-30℃温度下浸3-4小时即可。
