在沼气池内，产甲烷等细菌接触到有害物质时就会中毒，轻者停止繁殖，重者死亡，造成沼气池停止产气。
因此，不要向池内投入下列有害物质：
各种剧毒农药，特别是有机杀菌剂、抗生素、驱虫剂等；重金属化合物、含有毒性物质的工业废水、盐类；刚消过毒的禽畜粪便；喷洒了农药的作物茎叶；能作为土农药的各种植物如苦皮藤、树果（叶）、桃树叶、百部、马钱子果等；辛辣物如葱、蒜、辣椒、韭菜、萝卜等；各类消毒制剂（84消毒液）、电石、洗衣粉、洗衣水。上述物质等都不能进入沼气池内。
严禁将含磷有机原料入池，如菜籽饼、棉籽饼、磷肥（如过磷酸钙、磷矿粉、钙镁磷肥等等）。因为这此物质在绝对厌氧的条件下，会产生磷化氢等剧毒气体，使人中毒死亡。
