大豆孢囊线虫分布广、危害重、寄主范围广，传播途径多，存活时间长，是一种极难防治的土传病害。应用抗病品种是防治大豆孢囊线虫病的经济有效措施，但随着抗病品种推广年限延长，由于品种选育推压力作用，而使大豆孢囊线虫生理小种可能发生变化。抗病品种连种后小种确实发生了变化，因此生产上推广抗病品种要与非大豆孢囊线虫寄主作物或其它抗线类型品种轮换种植，以减缓生理小种变异速度，防止抗病品种丧失抗病性，延长抗病品种的应用年限。在没有抗病品种的地方应采用3年以上的轮作和药剂防治相结合的办法，可用3%呋喃丹颗粒剂或5%涕灭威颗粒剂，每亩4—5千克，施入播种沟内，然后播种。
