木耳菜的主要病害是褐斑病和灰霉病，虫害主要是蛴螬。
一、褐斑病又称紫斑病、鱼眼病、红点病，是一种细菌性病害．从幼苗到收获结束均可发病，主要危害叶片。防治方法：
1、栽培木耳菜要与非黎科、非落葵作物轮作。这样可有效地预防褐斑病的发生。
2、对于褐斑病发生较严重的地区，在播种前用福尔马林100倍液处理种子0．5～1小时，清除种子中的细菌。
3、加强田间管理，适当密植，合理浇水，避免偏施过施氮肥，及时采收。同时给予高温高湿条件，避免低温干燥环境，在一定程度上也可起到预防褐斑病的作用。
4、在发病初期，用65％代森锌可湿性粉剂600倍液或50％代森铵可湿性粉剂800倍液喷雾，7～10天一次，连喷2～4次，可控制病情。
二、灰霉病一般生长中期开始发病，主要危害叶片和叶柄，严重时可致叶片腐烂。发病初期可用50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液或50％乙烯菌核利可湿性粉剂1000倍液，每10天喷1次，连喷2-3次。
三、蛴螬是地下害虫，主要危害幼苗。可在初冬深翻地，减少越冬虫源。另外还可以在播种时每667平方米用50%的辛硫磷200克加水2000毫升喷于25千克细土上拌匀制成毒土，然后将毒土洒在其中。
