沼气池正常启动后，在使用过程中需进、出料，同时经常搅动池内发酵原料、换料；冬季还要根据气温变化采取相应保温措施，这样才能确保沼气池正常运行，提高产气率。
一、进料、出料
沼气池经过一段时间使用后，原先加入沼气池内的发酵原料，经沼气细菌发酵分解，逐渐地被消耗或转化，如不及时补充新鲜原料，沼气细菌就会“吃不饱”、“吃不好”，产气量就会下降。为了确保产气正常持久，就要做到勤加料，勤出料。根据一般家庭日常用气量和常用沼气发酵原料的产气量，户用沼气池正常启动使用2～3个月后，每天必须保持20千克左右的新鲜畜禽粪便入池发酵，“三结合”沼气池，每天有3～6头猪或1～2头牛的粪便入池发酵，即可满足正常产气需求，平时只需添加适量的水，以保持发酵原料的浓度。非“三结合”沼气池，一般每隔5～10天，应进、出占总有效容积5%的原料，也可按每立方米沼气池容积进干料3～4千克的比例加入发酵原料，同时也要定期小出料，以保持池内一定数量的料液。进出料时，应先出料，做到出多少，进多少，以保持气箱容积的相对稳定。要保证剩下的料液液面不低于进料口或出料口的上沿，以免池内沼气从进料口或出料口跑掉，若出料后池内的料液液面低于进料口或出料口的上沿，应及时加水，使液面达到新要求的高度。若一次补充的发酵原料不足，可加入一定数量的水，以保持原有水位，使池内沼气具有一定的压力。
二、搅动沼气池内发酵原料
沼气池运行后，经常搅拌沼气池内的发酵原料，能使原料与沼气细菌充分接触，促进沼气细菌的新陈代谢，使其迅速生长繁殖，提高产气率；以打破上层结壳，使中、下层新产生的附着在发酵原料上的沼气，由小气泡聚积成大气泡，并散开到气箱内；可以使沼气细菌的生活环境不断更新，有利于它们获得新的养料。如不经常搅拌发酵原料，就会使其表层形成很厚的结壳，阻止下层生产的沼气进入气箱，降低沼气的产气量。户用沼气池搅拌方法有两种：其一是通过手动回流搅拌装置，每天用活塞在回流搅拌管中上下抽动10分钟，将发酵间的料液抽出，再回流进进料口，进行人工强制回流搅拌；其二是通过小型污泥电动泵，把出料间的料液抽出，再回流进进料口，进行电动液体搅拌，采用搅拌后，平均产气量可提高30%以上。
三、换料
沼气池启动正常后，一般不会发生发酵中断现象，也不需再换料，如果是突然加料过多，发酵受阻，可以停止加料并补充一些接种物，使其恢复正常，由农药或其他有毒物引起的发酵中断，则应换料，重新启动，因此农药、兽药、肥皂粉等有毒物质是不能进入沼气池内的。
四、沼气池保温
沼气池越冬管理用通俗的话概括，就是必须遵循“填饱肚子，盖好被子”和“池内要增温，池外要保温”这个原则。通常把不同的发酵温度划分为三个范围：46～60℃称为高温发酵；28～38℃称为中温发酵；10～26℃称为常温发酵；当发酵温度在8℃以下时，仅能产生微量的沼气，管理上必取采取以下措施。
1.加温促腐：非太阳能暖圈设计结构的普通沼气池应该使用覆盖保温，在沼气池表面覆盖稻草、柴草、秸秆、堆肥或者加厚土层等保温材料，覆盖面要大于池面，防止冷空气进入而降低池内温度，在沼气池周围挖好环形沟，沟内堆沤粪草，利用发酵酿热保温；有条件的还可以建设塑料棚保温。换料、进料时，注入温度在20℃以上的污水，并要严防外水流入降低池温。
2.加大浓度：及时补料，使料液浓度提高到15%左右，并以富含氮元素的鲜猪粪、鲜牛粪、鲜羊粪等作发酵原料，而不能用干麦草，玉米秸秆等纤维类发酵原料，缩小碳氮比差，加快甲烷菌群的繁殖，促进产气。
3.充分搅拌：冬季低温条件下沼气池更容易结壳、分层，所以更需要加强搅拌。每3～4天用人工搅拌或沼液回流搅拌，以避免结壳、分层，促进产气。
4.管线保养：冬季低温条件下管线中更容易形成冷凝水，应及时清除，避免堵塞；还要尽可能的将管道埋入地下或用稻草绳、碎布条、塑料薄膜包扎管道，防止冻裂。漏气老化的管道，接头要及时更换。农村户用沼气池是一个有生命的物体，只有使用者按以上步骤管理操作，才能保障其正常运行，延长使用寿命，确保长久发挥经济效益。
