近年来，通过政府推动、市场拉动、效益驱动，农村蔬菜产业从无到有、从弱到强，得到了较快发展，初步形成了一定的规模效益，但作为现代农业产业化三大主导产业之一，当前一些制约蔬菜产业可持续发展的问题也逐步凸显。
一是生产的区域化、集约化、规模化程序低。设施蔬菜生产形不成规模，区域比较分散，蔬菜种植专业村、专业户、家庭农场少，商品率较低、品种布局杂乱、规模化程度低在一定程度上阻碍了蔬菜产业发展。“一村一品”规模小，特色不明。虽然成立了一些专业合作组织，但规模小，组织化程度低，承担风险和市场竞争力弱。
二是缺乏龙头企业辐射带动。农户分散经营，没有形成“公司+基地+农户”的产业化经营模式，单品种数量不足，形不成规模效应。农户缺乏对蔬菜销售市场的正确预测，只能是“碰运气”和“跟风式”的盲目发展，很容易中途流产，形不成气候。
三是科技“含金量”不足，产品质量跟不上。蔬菜种植户大多文化水平低，加之专业技术人员队伍不足欠缺生产实践经验，农民技术培训指导工作滞后，科学种菜技术、高效实用技术、标准化生产技术普及率低，直接制约着农村蔬菜生产质量和效益的提高，致使产品市场竞争力差，难以实现优质优价。
四是资金制约，后劲不足。农民发展设施蔬菜种植的积极性有所提高，但多数受资金制约，致部分有种植意愿的农民放弃棚室蔬菜种植计划，使部分人才“无用武之地”。随着农民工的打工热潮，“精英”大都外出捞金，致使蔬菜产业发展人才难求。
五是基础设施建设薄弱。近年来，虽然农村水利、电力、交通等有了一定的改善，但离设施蔬菜产业基地需要配套完善的基础设施相差堪远，让大部分人望洋兴叹。
