一是注意产品质量。购买生物肥料时应仔细观察、检查，并注意液体肥料的沉淀与否、浑浊程度；固体肥料的载体颗粒是否均匀，是否结块；生产单位是否正规，有否合格证书等。
二是注意贮存环境。生物肥料耐低温能力强，但抗高温能力弱，除观察商家贮存场所的环境条件外，对购回的肥料也有一个短期贮存问题，如不能阳光直射、避免潮湿、干燥通风等。
三是注意及时使用。生物肥料有效期较短，即使复合型固体肥料，也不宜久存，一般在使用前2个月内购买，有条件的当做到随购随用。
四是注意合理施用。要根据生物肥料的特点并严格按说明书要求施用，对涉及喷施浓度、作业器具、施用时间等问题时，必须严格按照操作规程。
五是注意与药、肥分施。生物肥料一般为酸性，在其微生物大量繁殖前群体弱小，易被杀伤或杀死，尤其在施用杀菌药物、化学肥料时，如同时施入，则两败俱伤，在没有弄清其它药、肥的性质以前，最好将生物肥料单独施用。
六是注意施用的连续性。除基肥外，喷施生物肥时，效果在数日内较明显，此后能延续十几至几十天，随着微生物的长期暴露，尤其是高温条件的不适等，微生物群体衰退很快，因此，应予及时补施，以保证其效果的连续性和有效性。一般蔬菜生长期内，每20天左右喷施一次，果树自坐果开始至收获前20天止，期间可喷3次—5次，一般大田作物喷3次左右，即可取得较明显的增产增质效果。
