给农作物施用微生物农药有着相当好的效果。与此同时，对微生物农药的重视程度也会越来越高，在使用微生物农药的时候必须需要注意施用误区，避免降低微生物活体的作用。
一、在干燥天气的情况下不适宜发挥微生物农药的效果。比如在晴天上午十时到下午四时前温度很高干燥的天气情况下施用，效果会非常长差。这是因为环境湿度不充足而引起。例如白僵菌，它是真菌杀虫剂，制剂主要包含有白僵活孢子，在施用之后通过直接接触害虫的虫体，或是在用物上被害虫吃入到消化道，在一定的条件下孢子将会萌发，在害虫体内繁殖，从而产生白僵菌素等，终导致害虫慢慢死亡。所以选择阴雨天施用或是在早晨等潮湿的情况下施用。
二、在气温过低的时候应用微生物农药是错误的施用方法。许多农民朋友在用药时对于环境因素的影响不是很了解，并没选择在温度高的情况下施用，而是选择在寒冷的冬天以及早春的天气条件下进行施用，因此不会达到理想中的防治效果。这是由于，在施用生物农药的时候要求比较高的气温。
三、在比较强烈太阳光下施用微生物农药也是不对的。若是在高温、强太阳光的中午施用药剂，会造成药剂效果的降低。微生物活体农药，忌怕强太阳光的照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着非常大的杀伤能力，并且紫外线的辐射对伴孢晶体还可能会产生变形降低效果作用，所以选择在下午4时之后或是阴天使用，这样效果会大大发挥。
四、不能再大雨之前施用微生物农药，由于在大雨冲刷后，药效会大大降低。芽孢害怕被大暴雨冲刷，这是由于暴雨会把喷施的菌液给冲刷掉。
五、微生物农药与杀菌剂不可以进行混用。比如块状耳霉菌，它是一种真菌杀虫剂，药剂效果会经过块状耳霉菌的活孢子作用来实现作用的的。在施用后活孢子会侵染蚜虫使其死亡，可继续传染，造成群体大量死亡。但是作为一种活体真菌，若是和杀虫剂户必须办法混用，它们已经被杀菌剂消灭掉，自然也会丧失杀虫效果。
