蓝莓根癌病的病原菌是一种土壤真菌，被归类为放线菌目根癌菌属的放线菌。其生长繁殖主要依赖于蓝莓根系的供能，因此在病株根系周围形成癌症状，并不断破坏蓝莓的根系，导致植株死亡。
病原菌的菌丝是其主要形态特征之一。病原菌的菌丝在蓝莓根系周围形成黑色的病瘤，不断向外侵袭，形成大面积的坑洼。此外，病原菌的菌丝还可以发育成为分生孢子囊。
病原菌的分生孢子囊是其另一个形态特征。分生孢子囊是由病原菌的菌丝经过细胞分裂形成的，可以在坏死的蓝莓根系上形成黑色的孢子囊体。孢子囊体内部产生大量的分生孢子，这些孢子可以在土壤中长期存活，成为病原菌的主要传播途径。
