采用化学药剂进行防治。化学药剂是目前丝瓜绵腐病防治中使用最广泛的一种方法。常用的药剂有氧氟沙星、四环素、氯霉素等。这些药剂能够通过喷洒、涂抹、浸泡等方式进入植物体内，抑制或杀死病原体，达到防治病害的目的。但是，化学药剂也存在一些缺点，如使用过多会导致环境污染和残留问题，还可能导致药物抗性的出现。
采用生物农药进行防治。生物农药是一种以微生物、植物提取物、动物提取物等为主要成分的农药。与化学药剂不同，生物农药具有安全、无毒、环保等优点。目前常用的生物农药有“海洋生物制剂”、“微生物制剂”等。海洋生物制剂的主要成分是从海洋生物中提取的活性物质，能够有效抑制绵腐病菌的生长和繁殖，达到防治的目的。微生物制剂则是以微生物为主要成分，能够通过与植物根系形成共生关系，增强植物的免疫力，提高植物的抗病能力。生物农药在防治丝瓜绵腐病方面具有良好的防治效果和广阔的应用前景。
