一、棉花在选择杀菌剂时要弄清杀菌剂的性质。杀菌剂有两种类型，一种是保护剂，这类杀菌剂是预防植物发病的，如波尔多液、代森锰锌、多菌灵等；另一种是治疗剂，是在植物发病后施用的，以杀灭或抑制侵入植物体内的病原菌，治疗剂在发病初期施用效果较好，如抗枯宁、保治达等复合型杀菌剂。
二、棉花杀菌剂应在上午9时前或下午4时后喷施。若在烈日下喷施，药剂易分解、蒸发，不利于作物吸收。
三、棉花杀菌剂不能与碱性农药混用。不能随意加大或减少杀菌剂的使用量，且应随配随用。
四、棉花杀菌剂多为粉剂、乳剂和胶悬剂，在施用前一定要稀释。稀释时先放药，后对水，再用棍棒搅拌。与其他农药混用时，也应先稀释杀菌剂后混入其他农药。
五、使用棉花杀菌剂喷施的间隔期为710天。对黏附性不强、内吸性差的药剂，喷药后3小时内遇雨，雨后须重喷。