唐菖蒲种球种植中存在的最大问题是品种混杂与品质退化。定期用组织培养方法培育出脱毒复壮的新仔球作繁殖母球，是防止品质退化的有效途径之一。
因此，要尽可能选择比较耐低温和低光照的品种。因为冬季温室或大棚内光线相对较弱，且日照时数少。而温度偏低和日照量不足是唐菖蒲冬季开花不良和出现盲蕾的主要原因；其次，应挑选饱满的大球；第三，栽植密度要比春、夏季小，每平方米不多于40个球。
唐菖蒲种球可用化学方法打破休眠，将2-3℃下冷藏至少l周的球茎放在密封容器内，按每升容积4毫升的量，向容器中加入40%的乙烯利，容器在常温下放置3-4天，然后取出球茎，定植。11月以后定植，可采用低温打破休眠的球茎。因为新球茎在7-8月挖出后，有3个月的自然休眠期，然后在自然低温下解除休眠，才能栽种。
为预防感染病害，可在种植前将种球皮膜除去，浸入清水15分钟，再浸入1000倍升汞或80倍福尔马林液30分钟，取出用清水冲洗晾干后栽植。
唐菖蒲所用球茎除采用春植球当年生成的更新球外，还需大量利用仔球培养成生产用种球，供促成栽培用。仔球繁殖是快速增殖种球和防止退化的有效方法。一般来说，直径l厘米以下的仔球在露地条件下，当年不能开花，到翌年即可全部开花。仔球直径在1.3-2.3厘米的，当年都可开花，但并非最佳开花球。仔球越小退化率越低。用仔球繁殖培育为开花种球，其大小以0．1-0.5克重的球为好，当年就可获得10-20克重的新球，此球直径为3-3.5厘米，可达到国际市场上作切花生产用种球的标准。