砧木与西瓜的亲和力所谓亲和力，应包括嫁接亲和力和共生亲和力两方面。嫁接亲和力是指嫁接后，砧木与接穗（西瓜）愈合的程度。嫁接亲和力用嫁接后的成活百分率表示。目前，选择的砧木大部分以黑籽南瓜为主，它具有较好的亲和性。
砧木的抗枯萎病能力导致西瓜发生枯萎病的病原菌中，以西瓜菌和葫芦菌为主，所以选择砧木，必须同时能抗这两种病原菌。
砧木对西瓜品质的影响西瓜嫁接栽培中，必须选择对西瓜品质没有影响的砧木或选择适宜的砧—穗组合，一般的南瓜砧有使西瓜果实的果皮变厚，果肉纤维增多，肉质变硬的作用，并可能导致含糖量下降，影响品质。
砧木对不良条件的适应能力在嫁接栽培中，西瓜植株在低温环境中的生长能力（低温伸长性）、雌花出现早晚和在低温下稳定坐果的能力，以及根群的扩展和吸肥能力，耐旱性和对土壤酸度的适应性等，都受砧木固有特性的影响。
总之，在生产实践中，要根据需要来选择、选用适宜的砧木，这是获得西瓜早熟丰产和优质的关键之一。