蔬菜在连作条件下，根系分泌物中有毒物质的积累使根系受害严重，除了对根系微生物的数量、种群产生影响外，还对微生物的代谢、生长和发育有一定的影响，从而使根系分泌物增加，又反过来抑制了土壤酶活性，最终导致蔬菜作物发生各种连作障碍。
土壤连作年限越长，微生物总含量越高。但微生物总含量的高低与土壤病原菌含量的高低并不呈正相关，病害发生轻或重的关键在于土壤微生物结构是否合理。蔬菜土壤随着连作年限的增加，土壤细菌增加，真菌的种类和数量减少。但有害真菌的种类和数量增加，放线菌随连作年限的增加含量减少。这种土壤微生物结构的变化，使得蔬菜生长发育、品质等也发生变化。
土壤酶是土壤生物活性的一个重要指标，它们参与各种元素的生物循环、土壤有机物质的分解转化、腐殖质的形成等。土壤脲酶直接参与土壤中含N有机化合物的转化，脲酶活性随尿素施用量增加而增大。但土壤中脲酶活性过高，容易引起氨的挥发损失。因此，土壤应合理施用氮肥，控制脲酶活性，减少氮素损失和对环境的污染；转化酶可使不能直接被植物吸收的蔗糖分解成葡萄糖和果糖，使土壤的生物活性提高。转化酶活性高，说明土壤生物活性好，土壤肥力高。
化感作用是指植物或微生物的代谢活动对环境中其它植物或微生物所产生的有利或不利的作用。研究表明：豌豆、番茄、黄瓜、西瓜和甜瓜植物根系分泌物和残茬中分离出一部分自毒物质，这些物质通过影响细胞膜透性、酶活性、离子吸收和光合作用等多种途径影响植物生长。
蔬菜连作障碍的主要防控措施：①不同的作物间进行轮作、间套种，土壤中的病原菌数量可显着减低。②施用生态有机肥，改变土壤微生物的构成。③利用自然降雨淋溶排除盐分，减少盐分在土壤表层的积累。每次浇水时应浇足浇透，将土表积累的盐分稀释下淋，供根系吸收。④利用抗病品种和嫁接技术可以克服病原菌的侵染。⑤利用一些有益菌对土壤中的特定病原菌产生有害物质或通过竞争营养和空间等途径来减少病原菌的数量和根系的感染，从而减少病害。⑥某些微生物菌肥能拮抗某些病原微生物而产生抑制病害的作用。
由此可见，通过有效的农业栽培制度和栽培技术可有效地减轻由有害微生物引起的土壤连作障碍。