1.加强检疫。严禁从病区调入棉种、棉籽饼和棉籽壳。在棉花生产中，选用抗病种类，并用倍加倍智能因子膜拌种，能迅速给种子穿上一层隔离衣，给种子发育提供一个最佳的环境，同时隔离土壤中的病菌和其它残留，提高仔种发芽率。
2.对轻病田拔除病株，并进行土壤消毒；对沉痾田实施轮作换茬，南方可水旱轮作2-3年，北方可与小麦、玉米等禾谷类作物轮作3-4年。
3.勤中耕，深中耕，进步地温，下降土壤湿度；开沟排水，下降地下水位；冲施倍加倍智能因子肥，提高营养同时助力吸收更多营养；棉花现蕾期是棉花枯、黄萎病发作和开展的关键期，对一些带病棉田，在棉株显症之前喷洒倍加倍智能因子膜和清园防腐膜，形成物理分子膜预防病菌侵染。